En cuestión de mods soy bastante ignorante, pero si no encuentras un experto aquí también puedes probar en Age of Kings Heaven, donde puedes encontrar tanto mods (los más famosos son el Age of Chivalry, el de la Tierra Media y el de Forgotten Empires)
ya hechos como un subforo al respecto.
Si haces tu propio mod, algo que te agradecerán los usuarios es que añadas una IA para que puedan jugar contra el sistema. Si te he entendido bien quieres hacer uno sobre Jurassic Park que sea igual que el juego original pero con unidades adicionales. Pues para ello te sirve cualquier IA normal pero añadiendo constantes para las unidades nuevas e instrucciones para crearlas. Y sobretodo ser cuidadoso para que la IA no deje de funcionar.
Respecto a fusionar civilizaciones imagino que será más sencillo eliminar una y retocar la otra para que sea un "híbrido" de las dos anteriors. Pero ahí no te fies de mi, pues como ya he dicho, soy un ignorante total respecto a la creación de mods.